Suite à des études d’histoire de l’art à l’Ecole du Louvre, Sébastien Lifshitz travaille dès 1990 dans le milieu de l’art contemporain que ce soit comme assistant auprès du curator Bernard Blistène au Centre Georges Pompidou ou de la photographe plasticienne Suzanne Lafont. En 1994, il se tourne vers le cinéma et réalise son premier court-métrage, Il faut que je l’aime.
Suivront en 1995, un documentaire sur la réalisatrice Claire Denis, et en 1998, le moyen-métrage, Les Corps Ouverts. Salué dans de nombreux festivals internationaux dont Cannes et Clermond-Ferrand, Les Corps Ouverts obtient le prix Jean Vigo et le prix Kodak du meilleur court-métrage. En 1999, il réalise pour ARTE un téléfilm, Les Terres Froides pour la série Gauche-Droite, sélectionné à la Mostra Internationale de Venise.
En 2000, il réalise son premier long-métrage, Presque Rien, puis en 2001, La Traversée, road-movie documentaire sélectionné à Cannes, à la Quinzaine des Réalisateurs. En 2004, il se lance dans la réalisation de Wild Side. Le film sera sélectionné dans de nombreux festivals internationaux et remportera, entre autres récompenses, le Teddy Award au festival de Berlin. En 2008, il entreprend le tournage de Plein Sud, qui sera présenté au festival de Berlin en 2010. Puis, en 2012, il réalise le documentaire Les Invisibles, présenté en sélection officielle (hors compétition) au festival de Cannes. Le film obtiendra le césar du meilleur film documentaire en 2013. La même année, Sébastien Lifshitz termine le film documentaire Bambi qui est présenté au festival de Berlin où il remporte le Teddy Award. Le réalisateur sera promu l’année suivante Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres. En 2016, il réalise le documentaire Les Vies de Thérèse qui est sélectionné à la Quinzaine des Réalisateurs au festival de Cannes où il remportera la Queer Palm. La même année, Sébastien Lifshitz est le curator de l’exposition Mauvais Genre, Les travestis à travers un siècle de photographies amateurs. Basé sur sa collection, l’exposition sera montrée aux Rencontres de la Photographie d’Arles en 2016, puis à Paris, à la Galerie du Jour Agnès B. Un livre est publié à cette occasion aux Editions Textuel. En 2018, l’exposition débute un tour à l’étranger en commençant parla Photographer’s Gallery de Londres puis ira au Musée des Beaux-Arts de Montréal et à la Ryerson Gallery de Toronto en 2020. En parallèle, l’éditeur allemand Gerhard Steidl publie un coffret de 4 livres sous le titre Amateur, entièrement réalisé à partir des photographies amateurs de la collection du réalisateur. En 2019, le Centre Pompidou organise une rétrospective de ses films, accompagnée d’une exposition de photographies vernaculaires L’Inventaire Infini. Un livre est publié à cette occasion aux Editions Xavier Barral. Un court-métrage, Avenue de Lamballe, est réalisé également pour la rétrospective. En 2020, Sébastien Lifshitz sort son nouveau film documentaire Adolescentes, tourné sur une durée de plus de 5 ans. Sélectionné au Festival de Locarno, le film reçoit le prix Zonta de la Semaine de la Critique. Il termine en parallèle le documentaire Petite Fille qui vient d’être présenté au Festival de Berlin.
